本縣島嶼星散，面積狹小，地勢陡峻，土壤地質皆不適水源集積，雨水眝存困難，常遭缺水之苦， 對民生戰備影響至鉅，實施戰地政務期間，承國防部及農委會支助經費，興建水庫，儲存雨水；興建淨水處理廠， 埋設全島供水管路系統，有效改善軍民用水。民國七十一年三月成立「連江縣自來水廠」，隸屬福建省連江縣政府， 嗣於民國七十一年九月成立「北竿供水站」，民國七十四年七月成立「莒光供水站」。 本廠於八十一年解除戰地政務後改銜名為「福建省連江縣自來水廠」。 東引自來水廠於民國七十五年七月成立，由軍方供應自來水，民國七十七年移轉東引鄉公所營運，民國八十二年二月併入本廠，改稱東引服務所。 民國106年因應組織修編，增設副廠長職務，並變更工務課為生產供水課及莒光營運所拆分為東莒營運所、西莒營運所。